1967년 아프리카 자이르(Zaire)의 모타바 계곡 용병 캠프에서 의문의 출혈열이 발생, 군인들이 죽어가자 미군에 긴급 의료 지원 요청을 한다. 하지만 상황의 심각성을 느낀 미군은 혈액만 채취한 뒤 일방적으로 용병 캠프에 폭탄을 투하 모두 몰살시켜 버린다. 그후로 30여년의 세월이 지난 뒤, 자이르에서 다시 출혈열이 발생, 감염자는 모두 사망하자 미국에 다시 지원 요청을 하게 된다.
닥터 샘 다니엘즈 육군 대령(Sam Daniels: 더스틴 호프만 분)은 국방부 소속으로서 전염병 예방 및 통제 센터(CDC)에 파견되어 있다. 그는 역시 CDC에 근무하고 있는 아내 닥터 로비 커우(Robby Keough: 르네 루소 분)와 마음이 맞지않아 이혼하려는 중이다. 이쯤 자신의 친구이자 직속 지휘관인 빌리 포드 준장(General Billy Ford: 모간 프리만 분)으로부터 정체 불명의 치명적 전염병이 돌고 있는 자이르 우림 지대의 오지에 들어가, 이를 조사하라는 명령을 받게 된다. 열대 정글의 심장부까지 들어간 샘은 에볼라 바이러스보다도 더 빠른 잠복기로 치사율 100%의 무시무시한 바이러스균이 휩쓸고 간 마을을 발견한다.
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